Hola, revisa dentro del archivo persistence.xml el valor de la propiedad javax.persistence.schema-generation.database.action, seguramente está en drop-and-create

Me ocurre exactamente igual que a Berta, al introducir los datos en la base de datos, si ya existian datos eran eliminados y solo quedaba el ingresado, nuevamente al hacer otra inserción el dato nuevo reemplaza al anterior en la base de datos; en mi caso pasa si ejecuto una vez la aplicación e ingreso los datos uno a uno o si ejecuto la aplicación luego de cada ingreso.
Agradezco la ayuda!

Para guarda el nuevo empleado ejecutas nuevamente la aplicacion? O guardas todos en la misma ejecución?

Los drivers XA son para transacciones distribuidas, es decir, cuando transaccionamos con más de una base de de datos, ha esto se le conoce como 2 Phase commit o Commit de dos fases, puedes leer más sobre esto en mi articulo. El otro driver (oracle.jdbc.pool.OracleDataSource) no me suena tanto, tendrías que revisar la documentación oficial para entender para que se utiliza.

Hola Oscar, ante todo gracias por la rápida respuesta. La cuestión es que estoy utilizando un solo entity manager para todo, y es curioso porque hice un prototipo de pruebas para emular lo que quería y me funcionó perfectamente como transacción, y cuando lo hacía fallar en efecto hacía rollback como se espera. Cuando fui a implementar lo mismo pero con las clases de un proyecto real, pues me sucede lo que te comento. Piensa que utilizo un solo entityManager por cuestiones de rendimiento y consumo de conexiones a la BD, y hasta el momento funciona bien, solo tengo el problema de la transaccionalidad que es como si estuviera haciendo, como dices, dos contextos cuando debería ir todo por uno solo. Podrías aclararme un poco el uso del driver, sobre qué clase debería utilizar oracle.jdbc.pool.OracleDataSource o más directamente oracle.jdbc.xa.OracleXADataSource, aunque entiendo que la segunda es una subclase de la primera. Gracias por adelantado

Hola Luis, cuando utilizas UserTransaction el programador es el responsable de controlar las transacciones, en tal caso, tendrías que revisar si no estás haciendo commit sin querer. Cuando utilizamos UserTransaction es común crear dos o más entityManager, lo que provoca que tengamos dos persistence context, eso puedo ocasionar que uno haga commit y el otro haga rollback, asegúrate de usar siempre la misma instancia del EntityManager o utilizar el método joinTransaction(), para segurar que todo ocurra en la misma transacción.

https://stackoverflow.com/questions/54180622/jpa-nested-transactions-all-commit-rollback-after-runtime-exception

No, lo que hace constains es determinar si la entidad se encuentra en el contexto de persistencia. ¿Que significa esto?, que el EntityManager lo esta actualmente administrando y esto ocurre cuando damos persist, update, merge o cualquier operación de búsqueda previa a llamar el método contains.

Como nota, cualquier entidad que no sea agregada al archivo Persistence.xml o que sea administrada por JPA no puede ser llamada entidad, por lo tanto NUNCA estará en el contexto de peristencia, por ende, nunca obtendrás un true de contains.

Espero que esto resuelva tu duda.
saludos.